Тебе сначала ломанули сайт, потом залили на него шел (это маленький скрипт, который позволяет заливать всё что угодно на твой хостинг и читать любые файлы), с его помощью прочитали твой конфиг и получили доступ к базе сервера, а если сервер стоит на твоём компе, то не проблема и закинуть вирусы на комп через тот-же шел.

Поэтому после взлома, обязательно нужно проверить, нет-ли посторонних файлов в сборке сайта, еще лучше всё удалить и поставить заново. Потому что если шел останется на сайте, то все твои усилия по защите будут напрасны.